1953年起，叶飞任中共福建省委第二书记、第一书记，福建省省长，福建省政协主席，南京军区副司令员等职。在主持福建省工作期间，叶飞与其他领导一起带领广大干部群众，建立了第一批新兴工业基地，并大力发展农业、交通运输、水利电力和文化教育事业。同时致力于巩固海防和加强海上军事斗争，组织指挥了东山岛战斗和炮击金门。 1958年，炮击金门战役打响。党中央和毛主席特别指定当时的福州军区第一政委叶飞作为战役指挥。经过四个多月炮战，给国民党金门守军以重创，有力的打击了美帝国主义企图分裂中国的阴谋。
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